M&A？親子間？医師の「継承開業」にかかる費用とメリット・デメリット

「継承開業なら、新規開業より費用を抑えられるはず」。そう考えて情報収集を始めた先生も多いのではないでしょうか。

しかし実際のところ、継承開業にかかる費用は「誰から、どのように継ぐか」によって内訳も相場観も大きく変わります。親子間で継ぐのか、M&Aで面識のない医師から譲り受けるのかによって、初期費用の抑えやすさも、起こりやすいトラブルの種類も別物になるのが実情です。

この記事では、以下の内容を整理してお伝えします。

• 継承開業にかかる費用の内訳と相場感
• M&A(第三者承継)と親子間継承、それぞれのメリット・デメリット
• 継承開業の手続きの流れと、現場で起こりやすいトラブル

「費用を抑えたい」という思いだけで継承の方法を選んでしまうと、想定外の出費やトラブルにつながりかねません。ご自身の状況に合った継承のかたちを見極める材料として、ぜひ最後までお読みください。

クリニックの継承開業とは？「承継」との違いと2つの手法

一口に「継承」といっても、誰から引き継ぐかによって費用も手続きも大きく変わります。まずは用語の整理と、親族内承継・第三者承継という2つの手法の全体像から確認していきましょう。

継承開業とは何か・新規開業との違い

継承開業とは、既存のクリニックの土地・建物・医療機器・患者・スタッフなどを引き継ぐ形で開業することです。「承継」と「継承」はほぼ同義で使われますが、業界では「事業や地位を引き継ぐ」という意味合いで「承継」、「財産や設備を引き継ぐ」という意味合いで「継承」が使われる傾向があり、記事によって表記が揺れています。

新規開業との最大の違いは、ゼロからのスタートではなく、既に稼働している医療機関を土台にする点です。内装工事や医療機器の購入といった初期投資の一部を省略できる一方、前院長の診療方針や患者層、スタッフとの相性をそのまま引き継ぐことにもなります。

この「引き継ぐものの多さ」こそが、継承開業特有のメリットとデメリットを生む根本的な要因です。継承開業では、医療機器のリース契約やスタッフの雇用契約もあわせて引き継ぐケースが多く、契約内容を精査したうえで、そのまま引き継ぐか個別に再契約するかを判断する必要があります。

親族内承継(親子間継承)という選択肢

親族内承継とは、自分の親や親族が経営するクリニックを引き継ぐ形です。子どもが医師である場合の「親子間継承」が代表的なパターンにあたります。

生前贈与や相続といった形で経営権と資産が移転するケースが多く、後継者としてはあらかじめ院内の事情を把握しやすいという特徴があります。実務上は、後継者となる医師が数年間、勤務医としてその医院で働きながら診療や経営の実情を把握したうえで、正式に承継する流れが一般的です。

個人開業医院を継ぐ場合と、医療法人を継ぐ場合とでは、必要な手続きの重さも異なります。

第三者承継(M&A)という選択肢

第三者承継とは、血縁関係のない医師や医療法人がクリニックを譲り受ける形です。近年は「クリニックのM&A」という呼び方も一般的になり、仲介会社を介したマッチングが主流になりつつあります。譲渡側にとっては後継者不在という悩みの解決策となり、譲受側にとっては開業までの期間を短縮できるのが利点です。

一般的に、第三者承継では医院探しから契約成立までに半年〜1年程度かかることが多いとされ、物件探しから内装工事まで一から行う新規開業と比べると、準備期間を短縮しやすい傾向があります。

なぜ今、第三者承継(M&A)が増えているのか

日本医師会総合政策研究機構の調査によると、診療所経営者の後継者不在率は86.1%にのぼり、全業種平均(66.5%)を大きく上回っています。特に無床診療所では89.3%と、10軒に9軒が後継者未定という状況です。

同調査では、後継者が未定の医師のうち約8割が第三者承継(M&A)を選択肢に入れているというデータも紹介されています。子どもが医師であっても、地域の将来性への不安や、自身の生活スタイルを優先したいという考えから、親の医業を継がない選択をするケースが増えていることが背景にあるとされています。

こうした流れを裏付けるように、全業種で見ても、2025年の後継者候補は「非同族」が41.0%と初めて4割を超え、4年連続でトップとなっています。医業に限らず、日本社会全体で「継ぐのは家族」という前提が崩れつつあるのです。

背景には、地域医療構想の推進や度重なる診療報酬改定への対応など、単独の医院経営を続けること自体の難易度が増している事情もあると考えられます。

出典：日本医師会総合政策研究機構「医業承継の現状と課題」(日医総研ワーキングペーパーNo.422)

出典：帝国データバンク「全国『後継者不在率』動向調査(2025年)」

継承開業にかかる費用の内訳と相場

継承開業の検討で最も気になるのが「結局いくらかかるのか」という点です。費用の構造と算定の考え方に加え、税務や公的支援制度まで含めた資金面の全体像を押さえていきます。

費用の内訳:時価純資産+営業権(のれん代)という考え方

継承開業でクリニックを譲り受ける際の対価は、一般的に「時価純資産+営業権(のれん代)」という式で考えられます。時価純資産は医療機器や内装設備、在庫などを現在価値で評価したもの、営業権(のれん代)は患者基盤や立地、スタッフといった数値化しにくい価値の上乗せ分です。

新規開業では内装・医療機器を一から揃えるための初期投資がかさみやすいのに対し、継承開業はこれらを引き継ぐ分、初期費用を抑えられる可能性がある点が大きな違いです。ただし、営業権の上乗せ分によっては、必ずしも新規開業より安くなるとは限りません。

実際の交渉では、時価純資産と営業権を合わせた総額の目安をまず算出したうえで、内装や設備の老朽化状況に応じて金額を増減させていく進め方が一般的です。

譲渡対価はどう決まるのか(算定方法の実務)

日医総研が医業承継の実務家(公認会計士・税理士・弁護士・M&A仲介事業者など)に行ったインタビューでは、営業権の算定方法として「修正営業利益の1〜3年分」「営業キャッシュフローの3〜6年分」など、複数の考え方が併存していることが明らかになっています。

算式自体は「時価純資産+営業権」で一致する回答が多い一方、評価幅は事業者によってかなりのばらつきがあり、業界標準の一律相場は存在しません。地域や診療科によって患者基盤の評価の考え方も変わるため、同じ算定式を使っても最終的な金額に数倍の開きが生じることもあります。

親子間承継とM&Aで費用の性質はどう変わるか

親子間承継とM&A(第三者承継)では、算定方法自体は大きく変わりませんが、費用に対する心理的なハードルと、上乗せされるコストの種類が異なります。

親子間承継では営業権を厳密に金銭評価せず、生前贈与や相続の形で資産移転するケースも多い一方、M&Aでは仲介会社を介するため、成約金額の3〜10%程度の仲介手数料が別途発生します。この手数料は、取引金額に応じて料率が段階的に変わる「レーマン方式」と呼ばれる算定方法が採用されているケースが一般的です。

相続税・贈与税・営業権の税務

親子間継承では、クリニックの資産を生前贈与または相続という形で移転するケースが多く、この際の相続税・贈与税の扱いが、M&Aとは大きく異なる論点になります。

個人開業医が事業用資産(医療機器・不動産等)を後継者に承継する場合、要件を満たせば「個人版事業承継税制」により相続税・贈与税の納税が猶予される制度があり、医療法人の場合は前述の「認定医療法人制度」による優遇が主な選択肢です。

一方、営業権(のれん代)の税務上の扱いには実務上の悩みどころがあります。M&Aの譲渡対価には営業権が含まれるのが一般的ですが、取引で合意される金額と税務上の資産評価との間には乖離が生じやすく、個別の税務判断が絡むため、記事で一律の結論を示すことは避けます。

継承開業に関連する主な税務論点を整理すると、次の通りです。

• 個人開業医の事業用資産承継:個人版事業承継税制による相続税・贈与税の納税猶予
• 医療法人の持分移転:認定医療法人制度による贈与税・相続税の優遇
• M&Aの譲渡対価:売り手側に生じる譲渡所得税・住民税の申告
• 営業権(のれん代)の税務評価:取引価格と税務評価の乖離に関する専門家への確認

個人版事業承継税制は、承継計画の提出期限や納税猶予を継続するための要件が細かく定められており、期限内の手続きを怠ると猶予が受けられなくなる点にも注意が必要です。いずれの制度も適用要件・期限が細かく定められているため、契約前に必ず税理士・公認会計士へ個別に相談することをおすすめします。

活用できる公的融資・支援制度

継承開業の資金調達では、独立行政法人福祉医療機構(WAM)や日本政策金融公庫の融資制度に加え、地域によっては公的な支援策が用意されている場合があります。

厚生労働省が令和6年12月に公表した「医師偏在の是正に向けた総合的な対策パッケージ」では、医師少数区域などの「重点医師偏在対策支援区域」で承継・開業する診療所への施設整備・設備整備・定着支援が盛り込まれています。

これは令和8年度予算編成過程で検討されている段階の施策であり、地域によって内容が異なる点に注意が必要です。このほか、日本政策金融公庫の事業承継関連の融資制度では、承継計画の策定や経営者保証の見直しが融資の要件として盛り込まれているケースがあり、資金調達と合わせて経営者保証のあり方を見直す機会にもなります。

出典：厚生労働省「医師偏在の是正に向けた総合的な対策パッケージ」

また、医療法人を継承する場合の「認定医療法人制度」の認定期限は改正のたびに延長されてきた経緯があります。最新の適用期限は、中小企業庁・国税庁の公式ページで必ずご確認ください。

出典：厚生労働省医政局医療経営支援課「持分の定めのない医療法人への移行計画認定制度Ｑ＆Ａ」

M&Aと親子間、それぞれのメリット・デメリット

費用の性質を踏まえると、次に迷うのはM&Aと親子間継承のどちらが自分に合うかという点です。それぞれの利点と注意点を、判断のポイントとあわせて見ていきます。

第三者承継(M&A)のメリット・デメリット

M&Aによる第三者承継の最大のメリットは、後継者不在という切実な悩みを、血縁に縛られずに解決できる点にあります。全国規模で候補者を探せるため、親族内に後継者がいない場合でも、地域医療を途切れさせずに引き継ぐことが可能です。

譲受側にとっても、既存の患者基盤や設備を引き継ぐことができるため、開業までの準備期間を短縮できるという利点があります。

一方でデメリットとして、仲介手数料の負担と、譲渡側・譲受側の間で生じる情報の非対称性が挙げられます。

「専門家が間に入るから安心」と考えたくなりますが、前述の日医総研の調査では、第三者承継後に主要スタッフがまとめて退職する、退職給付債務が引き継がれていなかったことが後から発覚するといったトラブルが、実務家へのインタビューを通じて複数報告されているのが実情です。

契約前のデューデリジェンス(資産・負債・労務状況の精査)を省略しないことが、こうしたリスクを避ける鍵になります。特に医療機器や什器の老朽化状況は、短時間の現地確認だけでは見落としやすいポイントです。

親子間継承(親族内承継)のメリット・デメリット

親子間継承のメリットは、院内の事情や患者との関係性をあらかじめ把握したうえで経営を引き継げる点です。承継前から勤務医として現場に関わっておけば、診療方針やスタッフとの相性を確認する時間的な余裕も生まれます。

営業権を厳密に金銭評価せず、生前贈与や相続の枠組みで資産を移転できる場合が多いことも、初期費用を抑えやすい要因のひとつです。承継後も先代の患者からの信頼を維持しやすいことは、地域に根差した診療を続けたい医師にとって大きな安心材料になります。

一方で、親子間だからこそ生じる意見の対立が大きな課題になります。診療方針の違いや、開業する場所・診療科を自分で選べないといった制約は、他人同士のM&Aでは起こりにくい、親族内承継特有の悩みです。

どちらを選ぶべきか、判断のポイント

どちらが優れているという単純な話ではなく、「何を優先したいか」で選び方は変わります。

費用を抑えることを最優先するなら親子間継承が有利になりやすい一方、後継者候補が身近にいない、あるいは診療方針を一から自分で決めたいという場合は、M&Aによる第三者承継のほうが選択肢を広げやすくなります。

判断に迷う場合は、次のような点を整理してみると選択肢が見えやすくなります。

• 費用を最優先で抑えたいか、多少コストがかかっても選択肢を広げたいか
• 身近に承継の意思がある後継者候補がいるか
• 診療方針や経営方針を一から自分で決めたいか
• 承継までにかけられる準備期間・スピード感はどの程度か

迷った場合は、費用感だけで決めるのではなく、承継後にどのような診療を行っていきたいかという将来像から逆算して考えることも一つの方法です。いずれの方法でも、契約前の情報開示と条件交渉を丁寧に行うことが、承継後のトラブルを避ける共通の前提になります。

継承開業の手続きと流れ

継承開業は契約を結んで終わりではなく、行政手続きの完了までが一連の流れです。専門家への相談から開設者変更の届出まで、時系列に沿って確認します。

専門家への相談と仲介先の選び方

継承開業の第一歩は、専門家への相談です。第三者承継(M&A)の場合はM&A仲介会社や事業承継・引継ぎ支援センター、金融機関などが相談先の候補になります。親子間継承の場合でも、税務や法務が絡むため、税理士や弁護士に早い段階で相談しておくと安心です。

相談先が決まったら、多くの場合は秘密保持契約(NDA)を締結したうえで、具体的な条件のすり合わせに入ります。

患者情報や経営状況といった機微な情報を扱うため、この段階での情報管理は徹底しておく必要があります。相談先を選ぶ際は、料金体系だけでなく、医療機関の承継実績が豊富かどうかを確認することも重要なポイントです。

医院の評価・条件交渉・基本合意

専門家への相談後は、クリニックの資産・収益状況をもとにした評価(バリュエーション)を行い、譲渡対価の目線をすり合わせていきます。譲受側が「意向表明書」を提示し、双方が大枠の条件に合意できた段階で、基本合意書を締結します。

基本合意書はあくまで最終契約に向けた大枠の確認であり、この時点ではまだ法的な拘束力を持たない内容が中心です。とはいえ、独占交渉権の設定など一部条項には拘束力を持たせるケースもあるため、内容は専門家とともに確認しておきましょう。

この段階では、譲渡側・譲受側どちらか一方に有利な内容になっていないか、第三者の視点でのチェックも欠かせません。

デューデリジェンスと最終契約

基本合意の後は、デューデリジェンス(資産・負債・労務・法務状況の精査)を実施します。ここで医療機器の老朽化状況、未払いの残業代、退職給付債務の有無といった、譲渡対価に影響する事実関係を洗い出します。

デューデリジェンスの結果を踏まえて最終的な条件を詰め、問題がなければ最終譲渡契約を締結します。この段階を経て初めて、資産や経営権の移転(クロージング)へ進む流れです。デューデリジェンスの範囲や深さは譲渡対価の規模に応じて調整されるのが一般的で、小規模な個人クリニックであれば、簡易的な確認にとどめるケースもあります。

行政手続き(開設者変更・保健所届出等)

契約が完了しても、それだけでは継承開業は完結しません。クリニックの開設者自体が変わる場合、医療法上は「旧診療所の廃止」と「新規開設」という扱いになるのが原則です。管轄の保健所への廃止届・開設届に加え、厚生局への保険医療機関としての指定申請(遡及申請を含む)なども必要になります。

医療法人を継承する場合は、社員・理事長の変更手続きが中心となりますが、いずれの場合も自治体によって様式や運用に細かな違いがあるため、早めに管轄の保健所・厚生局へ確認しておくことをおすすめします。

カルテの引き継ぎについても、譲渡側は患者への説明と同意取得を、譲受側は初診時の丁寧な案内を心がける必要があります。保険医療機関の指定申請が承継のタイミングと合わないと、一時的に保険診療ができない期間が生じるおそれもあるため、スケジュール管理には特に注意が必要です。

継承開業で起こりやすいトラブルと失敗を避けるポイント

どれほど条件の良い継承でも、引き継いだ後に患者やスタッフが離れてしまえば本末転倒です。起こりやすいトラブルのパターンと、事前にできる備えを整理します。

患者・スタッフが離れてしまうリスク

継承開業で最も多いトラブルのひとつが、診療方針の違いをきっかけとした患者離れとスタッフの離職です。

前院長の代から通っていた患者にとって、医師が変わることは想像以上に大きな変化であり、説明や引き継ぎが不十分だと、通院先を変えるきっかけになりかねません。特に高齢の患者ほど、通い慣れた医師や雰囲気が変わることへの不安を感じやすい傾向があります。

スタッフについても同様です。新院長が着任後すぐに勤務体制や院内ルールを大きく変更すると、反発を招き、まとまった人数が短期間で退職してしまうケースがあることが、実務家へのインタビューでも指摘されています。

特に長年勤務してきたベテランスタッフほど、変化への抵抗感が強くなりやすいものです。診療の質を維持するためにも、スタッフとの信頼関係づくりには、承継直後こそ慎重な対応が求められます。

親子間特有のトラブル(意見対立・設備老朽化)

親子間継承では、「家族だから話し合えば大丈夫」という前提が、かえって準備不足を招くことがあります。

日医総研の調査では、親子間の承継が円滑に進まない本質的な理由の多くが、親子間のコミュニケーション不足にあると指摘されています。承継のタイミングや条件について、日頃からきちんと話し合わないまま先送りにした結果、いざという時に困る、というパターンが少なくないようです。

このほか、長年使用してきた医療機器や内装設備の老朽化も、親子間継承ならではの課題です。新規開業であれば最新設備を選べますが、継承の場合は既存設備をそのまま引き継ぐか、追加投資をするかの判断が必要になります。親の急な体調不良など不測の事態によって承継の時期が前倒しになるケースもあり、早い段階からの準備が重要です。

M&A特有のトラブル(仲介手数料・契約不履行)

M&Aによる第三者承継では、仲介手数料の高さと、その説明不足をめぐるトラブルが目立ちます。売買成立金額の3〜10%が相場とされる手数料は、譲渡側・譲受側の双方から徴収される「両手取引」の形態も珍しくなく、仲介事業者の利益相反が疑われるケースもあると指摘されており、複数の仲介会社から見積もりを取ることも一案です。

また、最終契約の内容が実行段階で守られない、経営者保証の解除が契約通りに行われないといった、契約不履行に関するトラブルも報告されています。

承継後に旧経営者の保証がそのまま残ってしまう、いわば「保証の二重取り」のようなケースも指摘されており、契約書の内容は専門家とともに細部まで確認し、口頭での約束だけに頼らないことが重要です。

失敗を防ぐための事前準備

これらのトラブルの多くは、契約前の準備段階でどれだけ丁寧に情報を確認できるかで、発生の可能性が大きく変わります。

• デューデリジェンスを省略せず、資産・負債・労務状況を精査する
• 契約書の内容(手数料、経営者保証の扱い、契約不履行時の対応)を細部まで確認する
• スタッフ・患者への説明は、承継前から計画的に行う
• 親子間継承であっても、条件や役割分担を書面で整理しておく

「家族だから」「仲介会社に任せているから」といった安心感だけで手続きを省略せず、譲渡側・譲受側の双方が納得できる形を丁寧に作っていくことが、継承開業を成功させる共通の土台になります。

小さな疑問でも先送りにせず、契約前にひとつずつ解消しておく姿勢が、結果的に最短距離での承継につながります。

まとめ:継承開業は「費用を抑えられる」が最終判断は専門家と

継承開業には、時価純資産と営業権(のれん代)を基準にした費用の考え方があり、業界一律の相場は存在しません。親子間継承かM&A(第三者承継)かによって、費用の性質もリスクの種類も変わってきます。

費用を抑えたい気持ちが先行し、デューデリジェンスや契約内容の確認を省略してしまうと、承継後のトラブルにつながりかねません。

後継者不在に悩む診療所が9割近くにのぼる今、継承開業という選択肢は今後も広がっていくと考えられます。「誰から、どのように継ぐか」を丁寧に見極め、税理士や弁護士、M&A仲介会社といった専門家と早い段階から相談しながら進めることが、納得のいく継承への近道になるはずです。

焦って結論を出さず、一つひとつの疑問を解消していく姿勢を大切にしてください。