医師が個人事業主として開業するメリット手続き・節税・必要書類を解説

医師が個人事業主として開業を考えるとき、「本当にメリットがあるのだろうか」と迷ったまま情報収集だけが進んでしまう、そんな段階にいる先生も少なくないのではないでしょうか。
周囲では医療法人化を勧める声も聞こえてくるため、比較するほど何を優先すべきか分かりにくくなるものです。しかし個人事業主としての開業には、法人設立にはない身軽さや節税面での利点が確かに存在します。
本記事では、医師が個人事業主として開業するメリットを中心に、以下の観点から整理しました。

• ・個人事業主として開業する4つのメリット
• ・開業手続きの流れと必要書類
• ・活用できる節税方法
• ・開業時に使える補助金・助成金
• ・知っておきたい注意点・デメリット

ご自身の開業スタイルを検討する判断材料として、本記事をお役立てください。

医師が個人事業主として開業するとは？基礎知識・医療法人との違い

「個人事業主」という響きに、法人を持たない心もとなさを感じる先生もいるかもしれません。しかし医療の世界では、多くの開業医が最初はこの形態から診療をスタートしています。

個人事業主とは？医師の場合の具体例

個人事業主とは、法人を設立せずに自らの名前で事業を営む人のことです。医師の場合、保険診療を行うクリニックの開業だけでなく、以下のような形でも個人事業主としての働き方が成立します。

• ・自由診療クリニックの開業
• ・産業医としての複数企業との契約
• ・訪問診療医としての独立
• ・医療監修・執筆・医療コンサルティング業務

実は、保険診療を行う診療所を新規開業する場合も、多くの先生はまず個人事業主として届出を行い、経営が軌道に乗った段階で医療法人化を検討するという順序を選んでいます。
個人での開業は、税務署への開業届と保健所への診療所開設届を提出すれば始められる手軽さが特徴です。

医療法人との違い

「それなら最初から法人にしたほうが得なのでは」と思う先生もいるかもしれませんが、設立手続きの重さや税制を踏まえると、多くの場合はまず個人事業主として始めるほうが現実的な選択になります。
個人事業主としての開業と医療法人の設立では、手続きの重さも税制も次のように異なります。

医療法人の設立には都道府県による設立認可の手続きが必要となり、非営利性の原則から剰余金の配当も認められていません。
所得の水準によっては法人税率のほうが有利になる場面もありますが、その判断は経営が軌道に乗ってからでも遅くはないです。
出典：厚生労働省「医療法人について」
https://www.mhlw.go.jp/stf/shingi/2r9852000001p9ka-att/2r9852000001pexa.pdf
出典：国税庁「No.2260所得税の税率」
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2260.htm
出典：国税庁「No.5759法人税の税率」
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5759.htm
数字だけを見ると、法人税率のほうが節税に有利に思えるかもしれません。ただし開業したばかりの時期は売上も患者数も読みきれないものです。
まずは身軽な個人事業主として一歩を踏み出し、経営の数字が見えてきてから法人化を判断する、という順番のほうが、多くの先生にとって現実的な選択になります。

医師が個人事業主として開業できるケース

医師が個人事業主として開業を検討する場面は、実は保険診療クリニックだけに限りません。

• ・勤務医から独立し、保険診療クリニックを個人開業する
• ・美容医療など自由診療を中心としたクリニックを開業する
• ・複数のクリニックと契約する非常勤・産業医として独立する
• ・訪問診療や在宅医療を専門に個人で開業する
• ・医療監修やコンサルティングなど診療以外の専門性を事業化する

どのケースであっても、まずは個人事業主として身軽に始め、事業の拡大や節税の必要性に応じて法人化を検討するという段階的なアプローチが取りやすい点は共通しています。

医師が個人事業主として開業する4つのメリット

法人化と比べて何が得なのか、具体的な利点を知りたい先生も多いはずです。ここでは、医師が個人事業主として開業する主なメリットを4つに整理して解説します。

法人設立より簡易・低コストで開業できる

個人事業主として開業する場合、税務署への開業届と保健所への診療所開設届を提出すれば手続きは完了します。これに対し、医療法人を設立するには都道府県知事等の設立認可を受ける必要があり、審査には相応の時間がかかるのです。
東京都の「令和6年度第2回」の事務日程を例にとると、申請受付は令和7年3月、認可書の交付は令和7年8月下旬ごろで、受付から交付までに約5か月を要します。
募集は年2回に限られるうえ、「令和6年度」の回であっても実際の手続きは年度をまたいで翌年に行われる点には注意が必要です。
「思い立ったらすぐ動きたい」という先生にとって、この期間の差は決して小さくありません。
加えて、医療法人の設立には定款認証や設立登記といった手続きと費用が別途発生しますが、個人事業主であればこれらの負担はかかりません。
開業のスピードと初期コストの両面を抑えたい場合、個人事業主としての開業は現実的な選択肢になります。
出典：東京都保健医療局「医療法人設立認可に係る事務日程・受付(令和6年度第2回)」
https://www.hokeniryo.metro.tokyo.lg.jp/documents/d/hokeniryo/r6jimunittei02

経営の自由度が高く迅速に意思決定できる

「法人化したほうが将来的に安心なのでは」と感じる先生もいるかもしれませんが、経営初期は身軽さのほうが強みになる場面が少なくありません。個人事業主であれば、理事会などの合議を経ずに、診療方針の変更や設備投資のタイミングを自分の判断だけで決められます。
医療法人は非営利性の原則から剰余金の配当ができず、資産の使途にも一定の制約が課されます。
診療科の追加や自由診療メニューの見直し、スタッフ体制の変更といった判断も、個人事業主であれば院長一人の意思で機動的に進められます。
開業してすぐの時期は、患者数の増減や地域のニーズに応じて方針を柔軟に変えたい場面も多いため、意思決定の速さは個人事業主ならではの利点といえるでしょう。
将来的に分院展開や事業承継を見据える段階になってから、あらためて法人化を検討しても遅くはありません。

青色申告で節税・赤字繰越ができる

個人事業主として青色申告を行うと、最大65万円の青色申告特別控除を受けられます。
電子帳簿保存またはe-Taxでの申告といった要件を満たす必要はありますが、複式簿記による記帳と貸借対照表の添付という基本要件をクリアすれば適用可能です。
青色申告を行うには、業務を開始した日から2か月以内に「青色申告承認申請書」を税務署へ提出する必要があります(ただし、1月1日〜1月15日に開業した場合は、2か月を待たずその年の3月15日が期限になります)。開業届と合わせて早めに準備しておくと安心です。
さらに、開業初年度など赤字が出た年があっても、その損失を翌年以降3年間にわたって繰り越し、各年の所得から控除できる仕組みも用意されています。
開業直後は設備投資がかさみ収支が安定しにくいことを踏まえると、この繰越控除は資金計画を立てるうえでも心強い制度です。
生計を共にする家族を診療補助やクリニックの経理などで雇う場合、要件を満たせば青色事業専従者給与として給与を経費に計上することもできます。ただし、労務の対価として相当な金額であることが前提となり、税務署への事前の届出も必要です。
出典：国税庁「No.2072青色申告特別控除」
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2072.htm
出典：国税庁「No.2070青色申告制度」
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2070.htm
出典：国税庁「No.2075青色事業専従者給与と事業専従者控除」
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2075.htm
節税の制度は数多くありますが、すべてを一度に使いこなす必要はありません。まず押さえておきたいのは、青色申告承認申請書を期限内に提出することです。ここさえ外さなければ、控除の組み合わせは確定申告の段階でも十分に組み立て直せます。

屋号を使って個人の信用力を補える

個人事業主であっても、屋号を届け出れば「〇〇クリニック」といった名称で事業用の銀行口座を開設することは可能です。法人ほどの対外的な信用力ではないものの、個人名だけで開業するよりも患者や取引先に安心感を与えやすくなる場合があります。
医療機器のリース契約や物件の賃貸借契約など、対外的なやり取りが発生する場面でも、屋号があることで事業としての体裁が整いやすくなります。
屋号は開業届に記載するだけで設定でき、追加の費用もかかりません。将来の法人化を見据えている場合も、開業当初から一貫した屋号を使い続けることで、患者への認知や信頼を積み上げやすくなるでしょう。
医師が個人事業主として開業する4つのメリットを整理すると、次のようになります。

医師が個人事業主として開業する際の手続きの流れ・必要書類

実際に何をいつまでに提出すればいいのか、具体的な手順を知りたい先生も多いのではないでしょうか。ここでは、医師が個人事業主として開業する際の手続きの流れと、必要書類を時系列で整理します。

開業までの基本的な流れ(準備→届出→開業)

医師が個人事業主として開業する場合、大きく分けて次の順序で準備を進めます。

• ・開業コンセプト・診療科目の決定
• ・物件選定と資金調達
• ・税務署への開業関連書類の提出
• ・保健所への診療所開設届の提出
• ・(保険診療を行う場合)地方厚生局への保険医療機関指定申請
• ・スタッフ採用・内装工事を経て開業

税務署への届出は、保健所や厚生局の手続きと並行して進められます。
とくに保険診療を行う場合は、診療所開設届が受理された後でなければ保険医療機関指定申請に進めないため、手続きの順序を誤ると開業予定日に保険診療を開始できなくなる点には注意が必要です。
準備にかかる期間は、物件の選び方によっても変わってきます。
新規のスケルトン物件から一から作り上げる場合は1年半近くかかることも珍しくない一方、居抜き物件の活用や承継開業を選べば、内装工事や設備投資の手間が省ける分、準備期間を大幅に短縮できるケースもあります。
ご自身が検討している開業スタイルに応じて、逆算でスケジュールを組んでおくとよいでしょう。

開業届(個人事業の開業・廃業等届出書)の提出

個人事業主として開業する際にまず提出するのが、税務署への「個人事業の開業・廃業等届出書」、いわゆる開業届です。
提出期限は開業日から1か月以内で、納税地を管轄する税務署に提出します。提出は無料で、書面のほかe-Taxでの電子申告にも対応しています。
出典：国税庁「A1-5個人事業の開業・廃業等届出書」
https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/shinkoku/annai/04.htm
開業届を出して一区切りついたと感じるかもしれませんが、ここで手を止めるのはまだ早いところです。実際にはこのあとも、状況に応じて提出すべき書類が続きます。

青色申告承認申請書などの必要書類一覧

開業届に加えて、状況に応じて次のような書類の提出が必要になります。

前章で触れた青色申告特別控除や赤字の繰越控除を活用するには、この青色申告承認申請書の提出が前提になります。
提出を忘れたまま確定申告の時期を迎えてしまうと、初年度は白色申告扱いとなり節税メリットを受けられなくなるため、開業届と同じタイミングで準備しておくと安心です。

社会保険・年金の切り替え手続き

勤務医から独立して個人事業主になる場合、これまで加入していた健康保険組合や厚生年金から、国民健康保険・国民年金への切り替えが必要です。
日本年金機構によれば、退職日の翌日から14日以内に住所地の市区町村窓口で手続きを行う必要があり、国民健康保険についても同様に14日以内の届出が求められています。
期限を過ぎても手続き自体は可能ですが、保険証が手元にない空白期間が生じたり、保険料の納付が煩雑になったりする場合があるため、退職日が決まった時点で早めにスケジュールを組んでおくとよいでしょう。
出典：日本年金機構「会社を退職したときの国民年金の手続き」
https://www.nenkin.go.jp/service/kokunen/kanyu/20140710-04.html
出典：厚生労働省「国民健康保険の加入・脱退の手続き」
https://www.mhlw.go.jp/stf/newpage_21539.html
ここまでの手続きは、先生おひとり分の話です。看護師やスタッフを雇う予定があるなら、もう一段階、準備しておくべきことが増えます。

従業員を雇う場合に追加で必要な書類

看護師や医療事務スタッフを雇用する場合は、税務関連の届出に加えて、以下のような手続きが必要になります。

• ・給与支払事務所等の開設届出書(税務署、開設から1か月以内):給与の支払いを開始する事実を税務署に知らせるための書類
• ・労働基準監督署への労災保険関係の届出:労働保険関係成立届・概算保険料申告書などの提出が必要
• ・公共職業安定所(ハローワーク)での雇用保険の手続き:雇用保険適用事業所設置届・雇用保険被保険者資格取得届の提出
• ・年金事務所での健康保険・厚生年金の加入手続き:新規適用届の提出が必要(常時5人以上を雇用する個人事業所は社会保険の適用対象になります)

手続き先が税務署・労働基準監督署・ハローワーク・年金事務所と複数にまたがるため、開業前の段階でいつまでに何を提出すべきかをリスト化しておくと、直前になって慌てずに済みます。
出典：国税庁「A2-7給与支払事務所等の開設・移転・廃止の届出」
https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/gensen/annai/1648_11.htm

医師が個人事業主として活用できる節税方法

高収入になりやすい医師だからこそ、税負担をどう抑えられるか気になっている先生も多いのではないでしょうか。ここでは、個人事業主として開業した医師が知っておきたい税金の種類と、活用できる節税方法を整理します。

個人事業主の医師が納める税金の種類

個人事業主として開業した医師は、主に所得税・住民税・消費税・個人事業税を納めることになります。
このうち個人事業税は、医師ならではの非課税特例があるのが特徴です。
社会保険診療報酬に係る所得は地方税法の規定により個人事業税が非課税とされており、課税対象となるのは自由診療などの収入に限られます。
「税金の種類が多くて把握しきれない」と感じる先生もいるかもしれませんが、この非課税措置は確定申告書の記載だけで適用されるものであり、特別な手続きを新たに行う必要はありません。
ご自身の診療収入のうち、どこまでが保険診療でどこからが自由診療にあたるかを整理しておくと、税額の見通しを立てやすくなります。
出典：和歌山県「医業等を行う個人事業税の課税標準額の算定について」
https://www.pref.wakayama.lg.jp/prefg/010500/kenzei/kojinjigyou/kojinjigyou_d/fil/igyou-syotokukeisan.pdf
非課税の範囲を正しく理解しておくだけでも、確定申告のときに払いすぎを防げます。ここからは、さらに手元に残せるお金を増やす工夫を見ていきましょう。

経費計上で所得を抑える

個人事業主として開業した場合、事業に関連する支出は必要経費として計上でき、所得税の課税対象となる所得を圧縮できます。
医師の場合、学会参加費や専門書籍の購入費、白衣のクリーニング代なども、事業との関連性が説明できれば経費として認められる余地があります。
自宅の一部を事務作業に使っている場合は、家事按分により使用割合に応じて家賃や光熱費の一部を経費に計上することも可能です。
経費として認められるかどうかは「事業との関連性を合理的に説明できるか」が判断基準になるため、レシートや領収書とあわせて用途をメモしておく習慣が、後の税務調査にも備えになります。

小規模企業共済・iDeCoの活用

個人事業主が活用しやすい節税策の一つが、小規模企業共済です。
中小企業庁によれば、掛金月額は1,000円から70,000円までの範囲で自由に選べ、掛金は全額が所得控除の対象となります。将来の退職金代わりとして積み立てながら、現役時代の税負担を抑えられる仕組みです。
同様に、iDeCo(個人型確定拠出年金)の掛金も全額所得控除の対象となり、小規模企業共済と併用することでさらに控除額を積み増せます。
どちらも掛金の払込みが長期にわたる制度のため、無理のない金額から始めることが継続のポイントです。
小規模企業共済とiDeCoの主な違いを整理すると、次のようになります。

出典：中小企業庁「小規模企業共済制度について」
https://www.chusho.meti.go.jp/faq/faq/faq15_shokibokyosai.html
こうした制度は、知っているかどうかだけで手元に残るお金が変わってきます。あわせて、そもそも個人事業主のままでいいのか、という根本的な問いにも触れておきます。

法人化を検討すべきタイミングの目安

前述のとおり、個人事業主の所得税は累進課税で最高45%まで上がる一方、医療法人の法人税は中小法人であれば年800万円以下の部分が15%、それを超える部分でも23.20%にとどまります。
所得が一定水準を超えると、法人化したほうが税負担を抑えられる局面が出てくるため、このクロスポイントを目安に法人化のタイミングを検討する医師も少なくありません。
ただし、法人化には前述の設立認可や非営利性の制約も伴うため、税負担だけでなく経営の自由度とのバランスも踏まえて判断することが大切です。
「いつ法人化すべきか」に唯一の正解はなく、ご自身の所得水準と経営方針に照らして見極めていく視点が求められます。

開業時に使える補助金・助成金

初期費用の負担を少しでも減らせる制度がないか探している先生も多いのではないでしょうか。ここでは、個人事業主として開業する医師が実際に対象となりうる補助金・助成金と、申請時の注意点を整理します。

個人事業主(医師)が使える主な補助金・助成金

「補助金・助成金」と検索すると個人事業主向けの制度が多数出てきますが、そのすべてが医師にも使えるわけではない点に注意が必要です。
代表的な制度を整理すると、次のとおりです。

業務改善助成金は、看護師や医療事務スタッフをすでに雇用しており、これから最低賃金を引き上げる計画がある場合に使える制度です。
開業前や、まだ従業員がいない開業直後の段階では対象外となるため、開業資金そのものとして期待するのではなく、雇用が安定してから検討する制度と捉えておくのが現実的です。
デジタル化・AI導入補助金は、電子カルテの新規導入や更新を検討しているタイミングで候補にあがります。
出典：厚生労働省「業務改善助成金」
https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/koyou_roudou/roudoukijun/zigyonushi/shienjigyou/03.html
出典：中小企業庁「デジタル化・AI導入補助金2026の概要」
https://www.chusho.meti.go.jp/koukai/yosan/r8/digital_ai_summary.pdf
制度の中身が分かったところで、実際に申請を検討する前に、次の点を必ず確認しておいてください。

申請時に注意すべきポイント

開業関連の検索でよく見かける「小規模事業者持続化補助金」は、医師・歯科医師・助産師や医療法人が明確に補助対象外とされている点には注意が必要です。
制度によって対象・対象外の業種が細かく決められているため、「個人事業主向け」という紹介だけを見て申請準備を進めるのではなく、必ず最新の公募要領で対象外事業者の欄を確認することが欠かせません。
また、多くの補助金・助成金は経費を立て替えた後で支給される精算払いが基本です。日本政策金融公庫などの融資とは異なり、審査に通っても入金までに時間がかかることを見込んで、資金計画に組み込んでおくとよいでしょう。

個人事業主として開業する際の注意点・デメリット

メリットばかりでなく、リスクや落とし穴も知っておきたいと感じる先生もいるでしょう。個人事業主としての開業には、法人にはない身軽さがある一方で、意識しておきたい注意点もあります。

社会的信用力・金融機関からの融資への影響

個人事業主は、対外的な信用力の面で法人に見劣りする場面があります。とくに開業実績がない状態での融資審査では、事業計画の内容に加えて、既存の住宅ローンやその他の借入状況といった個人の与信情報もあわせて見られやすい傾向があります。
高額な医療機器のリース契約や物件の賃貸借契約においても、法人であれば法人格として審査されるのに対し、個人事業主の場合は院長個人の信用力がそのまま問われる場面が少なくありません。
「開業してすぐ大きな投資をする」計画がある場合は、個人の与信状況を事前に確認しておくと、資金調達の見通しを立てやすくなります。

インボイス制度への対応

インボイス制度への登録が必要かどうかは、取引先が課税事業者かどうかによって決まります。
国税庁によれば、取引相手が仕入税額控除を必要とする事業者である場合に登録が必要になる一方、取引相手が主に一般消費者であれば登録の必要性は低いとされています。
社会保険診療報酬はそもそも消費税の非課税取引にあたり、患者への自由診療も個人(消費者)向けの取引が中心であるため、多くの医師にとってインボイス登録の必要性は高くありません。
ただし、企業健診など法人と直接契約する自由診療を扱っている場合は、取引先が仕入税額控除を求めてくることがあるため、契約内容に応じて登録の要否を確認しておくと安心です。
出典：国税庁「インボイス制度とは」
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/zeimokubetsu/shohi/keigenzeiritsu/invoice_about.htm
税務まわりの手続きが一通り整理できたところで、最後に、開業医としての働き方そのものに関わるリスクにも触れておきます。

収入が不安定になるリスクと備え

開業直後は患者数が軌道に乗るまで収入が不安定になりやすいことに加え、勤務医時代とは保障の仕組みそのものが変わる点にも注意が必要です。
国民健康保険には、会社員が加入する健康保険のような傷病手当金の制度が原則として整っていません。
病気やケガで長期間診療を続けられなくなった場合、収入が途絶えるリスクを自分自身で引き受けることになります。
「休めば収入が止まる」という個人事業主の構造を踏まえ、民間の所得補償保険への加入や、運転資金に余裕を持たせておくことも、開業前に検討しておきたい備えの一つです。
すべてを完璧に備える必要はありませんが、リスクの所在を把握しておくだけでも、いざという時の判断がしやすくなります。
個人事業主として開業する際に押さえておきたい注意点を整理すると、次のとおりです。

• ・融資審査では個人の与信情報も見られやすい
• ・インボイス登録の要否は取引先の課税事業者比率で判断する
• ・国民健康保険には傷病手当金がなく、収入減少への備えが必要

まとめ｜医師が個人事業主として開業するなら、メリットを活かした準備を

医師が個人事業主として開業するメリットは、法人設立に比べた手続きの身軽さ、経営判断の自由度、青色申告による節税効果、そして屋号による信用力の補完に集約されます。
一方で、開業届や青色申告承認申請書といった書類の提出期限、社会保険・年金の切り替え、インボイスや融資審査への影響など、事前に押さえておくべき実務も少なくありません。
補助金・助成金は制度によって医師が対象外とされているものもあるため、公募要領を確認したうえで活用を検討することが大切です。
身軽さと節税を優先するなら個人事業主のまま、信用力や事業拡大のしやすさを優先するなら早めの法人化が選択肢に入ってきます。
どちらに比重を置きたいかを整理すると、ご自身にとっての答えが見えやすくなるはずです。
メリットと注意点の両方を把握したうえで、なお個人事業主としての開業を選ぶのか、それとも早い段階から医療法人を検討するのか、その判断を委ねられているのは先生自身にほかなりません。本記事が、その判断のための材料の一つになれば幸いです。