医療法人新法の給与3600万円上限は本当？役員報酬のルールと「持分あり」との違いを解説

「医療法人の給与上限が3600万円になるらしい」——そんなニュースを耳にして、不安を感じた方も多いのではないでしょうか。  

実際、医療法の改正はガバナンスや透明性の強化を目的としており、「持分のない医療法人」への移行促進など、経営に直接影響を与える内容が含まれています。  

その一方で、「給与3600万円上限」という数字だけが独り歩きし、制度の本質や例外規定が理解されていないのが現状です。

「給与上限3600万円」とは一体どのような制度なのか？誰に、どのように適用されるのか？そして、医療法人の理事長や役員はこれからどんな対策を取るべきなのでしょうか？

本記事では、医療法人新法（改正医療法）の概要と改正の背景から、「給与3600万円上限」の設定理由と法的根拠、理事長・役員報酬に関する新ルールと例外規定、認定医療法人制度の要件と移行手続き、節税・承継を見据えた経営戦略と専門家相談のポイント等を詳しく解説します。

制度の正しい理解は、今後の経営判断を大きく左右します。「不安を安心に変えるために、今何をすべきか」を具体的に知りたい方は、ぜひ最後までご覧ください。  

読み終えるころには、新法の全体像と今後取るべき方針が明確になるはずです。

医療法人新法の概要と改正の背景

近年、医療法人を取り巻く法制度は大きく変化しています。特に「認定医療法人制度」の改正は、医療法人のあり方そのものを見直すきっかけとなりました。ここでは新法のポイントと、その背景にある狙いをわかりやすく解説します。

医療法改正のポイント（認定医療法人制度）

医療法改正の中心にあるのが「認定医療法人制度」です。この制度は、これまでの「持分あり医療法人」が抱えていた相続・承継の課題を解消し、公益性とガバナンスを高めるために設けられました。改正後は、理事報酬や利益処分のルールがより厳格になり、法人内部の透明性が求められています。

具体的には、理事や監事の報酬決定手続きを明文化し、外部監査や情報開示の強化が進められました。これにより、医療法人の運営が「個人の延長線」から「社会的責任を持つ法人運営」へと移行しています。

一方で、認定医療法人に移行することで、税制優遇や事業承継の円滑化といったメリットもあります。つまりこの改正は、単なる制限ではなく、より持続可能な医療経営へと導くための仕組みなのです。

改正の背景：ガバナンス改革と「持分なし」促進の狙い

医療法改正の背景には、「ガバナンス強化」と「持分のない医療法人の普及」という2つの大きな目的があります。従来の持分あり医療法人では、出資者が退社する際に持分払戻しが必要となり、経営の継続性や財務安定性を損なうケースが問題視されてきました。

この課題を解決するため、国は「持分なし法人」への移行を促進しています。ガバナンス面でも、理事長の独断的な報酬決定や利益の私的流用を防ぐ狙いがあり、第三者を交えた報酬審査体制の整備が進められています。

結果として、法人経営はより「公共性」を重視する方向へシフトしました。これにより、医療法人は社会的信頼を高める一方で、経営者には法令を踏まえた判断力と透明な説明姿勢が一層重要になってきています。

給与3600万円上限の設定理由と根拠

近年の法改正で話題となっている「給与3600万円上限」というワード。これは医療法人の理事長や役員報酬に関する新たなルールとして注目されています。しかし、「全ての医療法人に適用されるのか？」「実際に上限が固定されるのか？」といった誤解も多い項目です。ここでは、その定義と背景を整理して解説します。

「給与上限3600万円」とは（定義・適用範囲・例外まとめ）

「給与上限3600万円」とは、厚生労働省が定めた認定医療法人制度の運用指針に基づく報酬の上限目安です。これは法律で一律に固定された「法的上限」ではなく、認定を受けるための基準として設定された金額です。つまり、認定医療法人として税制優遇を受けたい場合には、この基準を遵守する必要があります。

適用範囲は、主に理事長や理事など役員報酬に関する部分であり、医療行為による診療報酬（医師業務による給与）とは区別されます。また、法人の規模や地域事情によって合理的な説明がつく場合には、一定の超過も認められるケースがあります。

誤解されがちですが、すべての医療法人に「強制的に3600万円の上限が課される」わけではありません。あくまでも、公益性や適正性を保つための目安として設けられていると考えるのが自然です。

上限額設定の背景と目的（公平性・内部留保・透明性）

「給与上限3600万円」の設定には、3つの目的があります。

1つ目は公平性の確保です。従来、一部の医療法人では理事報酬が過大であったり、家族間で不均衡に配分される事例が見られました。これを防ぐために、上限基準を設けることで報酬の妥当性を担保しています。

2つ目は内部留保の健全化です。高額報酬を支払いすぎると法人の資金繰りが圧迫され、医療サービスの質や従業員の給与改善に充てる余力が減ってしまいます。上限基準を設けることで、法人としての財務健全性を保つ狙いがあります。

3つ目は透明性の向上です。認定医療法人は、社会的信用を前提とした非営利法人です。報酬水準を明確にすることで、患者や職員、監督機関に対して説明責任を果たすことができます。

つまり、3600万円という数字自体が重要なのではなく、「適正な根拠を持って報酬を設定しているか」という姿勢こそが、医療法人に求められているのです。

理事長・役員報酬に関する新ルールと例外規定

医療法人の新法では、理事長や役員の報酬について、より明確で公正なルールが求められています。ただし、全てが一律に制限されるわけではなく、医業実態や法人規模に応じた「例外規定」も設けられています。ここでは、報酬上限の適用範囲や例外条件を具体的に整理します。

年収上限3600万円の適用範囲

年収上限3600万円は、あくまで認定医療法人制度における理事・監事など役員報酬の目安額です。つまり、経営者としての「法人運営報酬」に対して設定されており、医師としての診療行為による報酬とは区別されます。

たとえば、理事長が実際に外来・手術・管理業務を行っている場合、その医師業務部分の報酬はこの上限には含まれません。一方、法人の運営管理に対して支払われる報酬は「理事報酬」として扱われるため、上限基準の対象になります。

また、報酬額を決定する際には、同規模法人の平均報酬額や法人収支とのバランスを考慮する必要があります。監督官庁（都道府県）からの承認や、外部監査による妥当性チェックを求められるケースもあり、透明な決定プロセスが重視されます。

医師としての業務従事による例外規定

理事長や役員が実際に医師業務を行っている場合、その対価となる報酬は例外的に上限の対象外となります。これは、経営報酬と診療報酬を分けて考える「二層構造」の考え方に基づいています。

例えば、理事長が週4日診療を担当し、残りを法人運営に充てている場合には、「医師業務による給与」と「理事報酬」を分けて算定します。このとき、診療報酬部分は他の勤務医と同等の水準であれば問題ありません。

ただし、注意すべきは報酬区分を明確に区別し、合理的な算定根拠を残すことです。診療実績や勤務時間記録をもとに報酬を設定しないと、税務署や監査で「過大報酬」と判断されるリスクがあります。

この区分管理を徹底することで、法的リスクを回避しながら柔軟な報酬設計が可能になります。

報酬を損金算入するための条件（定期同額給与・事前確定届出給与）

医療法人における役員報酬は、税務上「損金算入」できるかどうかが非常に重要なポイントです。損金算入が認められれば、法人税の負担を軽減でき、結果的にキャッシュフローの改善につながります。

そのためには、主に以下の2条件を満たす必要があります。

この2つを満たさない報酬は、税務上「損金」として認められず、結果的に法人税負担が増す可能性があります。

つまり、報酬額だけでなく、「支給方法」「時期」「届出手続き」までを正しく整備することが、法令遵守と節税の両立に不可欠なのです。

報酬をめぐる規定は、単なる金額の問題ではなく、法人の信頼性と経営透明性を保つ仕組みそのものだといえます。

認定医療法人制度の要件と移行手続き

医療法人の経営を持続的かつ透明に行うためには、「認定医療法人制度」の理解が欠かせません。この制度は、持分あり法人から「持分なし法人」への移行を促し、税制優遇や事業承継の円滑化を支援する仕組みです。ここでは、認定を受けるための要件や移行の流れを整理して解説します。

認定要件・維持要件

認定医療法人として承認されるためには、厚生労働省令に定められた複数の要件を満たす必要があります。主な認定要件は以下の通りです。

認定を受けた後も、これらを毎年度継続的に維持する義務があります。認定取り消しや更新停止となるケースもあるため、形式的な申請だけでなく、運用体制の実質的な整備が求められます。

このように認定要件は、法人のガバナンスと公益性を高めるための土台となっており、単なる「税制優遇のための条件」ではない点がポイントです。

持分なし医療法人への移行メリット・デメリット

認定医療法人への移行には多くのメリットがあります。

まず、税制優遇です。持分放棄による贈与税や相続税が非課税となるため、後継者への事業承継がスムーズになります。さらに、医療機器や施設投資への内部留保を有効活用でき、長期的な経営安定につながります。

また、ガバナンスが強化されることで、金融機関や自治体からの信頼性が向上し、補助金申請や資金調達が有利に進むケースもあります。職員や患者からの社会的信用が高まる点も見逃せません。

一方で、デメリットも存在します。持分を放棄すると、創業者や出資者が法人資産に対して経済的権利を失うため、退社時に持分払戻しができなくなります。また、意思決定に評議員会など第三者が関与するようになり、経営の自由度が下がる可能性もあります。

したがって、移行の判断は「税制優遇」と「経営権の変化」の両面を慎重に比較検討することが重要です。

移行手続きの流れと必要書類

認定医療法人への移行は、以下のステップで進められます。

必要書類は多岐にわたりますが、特に社員の同意書・定款・財務資料は厳密に確認されます。申請から認定まで3〜6か月を要するのが一般的で、税理士や弁護士、医療法人専門コンサルタントのサポートを受けるケースが多いです。

移行は一度きりの大きな決断であり、将来の法人運営や相続計画に直結します。そのため、専門家の伴走支援を受けながら計画的に進めることが成功の鍵となります。

節税・承継を見据えた医療法人経営戦略

認定医療法人制度は、単なる制度改革ではなく、医療法人の「資産防衛」や「事業承継」を見据えた経営戦略の転換点でもあります。ここでは、節税と承継の両面から見た実践的なポイントを整理し、経営者が今すぐ取り組むべき対策を解説します。

認定医療法人制度を活用した事業承継・贈与税対策

認定医療法人制度を活用する最大のメリットの一つは、事業承継時の贈与税・相続税の非課税措置が受けられる点です。従来、持分あり法人では理事長が死亡すると、持分評価額が相続財産として課税対象となり、多額の相続税が発生していました。これが後継者の資金負担となり、事業継続を難しくする要因でもあったのです。

しかし、「持分なし法人」へ移行し、認定医療法人として承認を受けると、持分の贈与や放棄が非課税扱いとなります。これにより、後継者は負担なく法人運営を引き継げるため、経営の連続性を確保できます。

さらに、医療機器や施設設備の更新を行う際にも、内部留保を活かしやすくなります。利益を再投資しやすくなることで、法人資産を守りながら成長投資へつなげることができるのです。

このように認定医療法人制度は、節税と承継を同時に実現できる強力な経営ツールといえます。

報酬設計と監査対応の実務ポイント

節税と法令遵守を両立させるうえで重要なのが、報酬設計と監査対応の整備です。特に認定医療法人では、報酬の妥当性や支給ルールの透明性が監査対象となるため、次の3つの観点での準備が不可欠です。

また、報酬額を適正に保つことで、税務リスクを最小限に抑えることができます。特に過大役員報酬と判断された場合、損金不算入となるほか、税務調査で追徴課税を受けるリスクもあります。

したがって、経営判断だけで報酬を決めるのではなく、会計的・法的な裏付けを持って決定することが大切です。報酬設計は節税だけでなく、経営の信頼性を示す指標でもあるのです。

専門家に相談すべきケースと相談前チェックリスト

認定医療法人制度の導入や報酬設計の見直しは、専門知識が必要な分野です。次のようなケースでは、税理士・社労士・医療法人専門コンサルタントへの相談を検討すべきです。

相談前には、以下の点を整理しておくとスムーズです。

これらを事前にまとめておけば、専門家がより正確なアドバイスを提供できます。

特に認定申請を視野に入れる場合は、初期段階から専門家を伴走パートナーとして入れることが成功の近道です。

雇われ院長というキャリアの選択肢

医療法人の法改正により、経営の透明性と非営利性が求められる一方で、「自ら経営する」以外のキャリアを選ぶ医師も増えています。特に注目されているのが「雇われ院長」という働き方です。ここでは、その背景とメリット・リスク、そしてキャリア戦略としての可能性を解説します。

自法人経営以外のキャリアパス

これまで医師にとって「独立開業」や「医療法人の理事長就任」は成功の象徴とされてきました。しかし、近年は医療制度改革や人材不足、設備投資コストの高騰により、経営リスクが増大しています。そこで注目されているのが、経営責任を負わず医療に専念できる「雇われ院長」という選択です。

雇われ院長は、既存法人や医療グループに所属しながら、現場の統括や診療方針の決定に関わります。経営判断や資金調達は法人本部が担うため、医師としての専門性に集中できる点が大きな魅力です。

さらに、法人によってはインセンティブ制度やキャリア評価制度を導入しており、安定した給与＋成果報酬を得られるケースもあります。リスクを抑えつつ医療リーダーとして活躍できるこの形態は、特に中堅～ベテラン医師に選ばれつつあります。

「雇われ院長」で得られる安定・責任・自由のバランス

雇われ院長の最大の特徴は、「安定・責任・自由」のバランスが取れている点です。自法人の経営者であれば、設備投資・人件費・税金など全ての責任を背負う必要があります。しかし雇われ院長は、経営リスクを法人側が負担し、医療提供やチームマネジメントに専念できます。

また、定期給与制であるため、景気変動や患者数の増減による収入ブレが少なく、ライフプランも立てやすいのがメリットです。さらに、勤務地や勤務日数を法人と調整できる場合も多く、ワークライフバランスを保ちながら専門性を発揮できる環境が整いつつあります。

一方で、経営権を持たないため、最終決定権が法人本部にある点は留意が必要です。つまり、「自由度」は限定的であるものの、医師としての安定と専門性を両立したキャリアパスとして、現代の医療界において確実に存在感を高めています。

専門家・転職支援への相談案内

雇われ院長という働き方に興味がある場合は、医療系転職支援会社や経営コンサルタントへの相談がおすすめです。特に、以下のような状況にある方は、早期に情報収集を行うとよいでしょう。

相談時には、勤務希望エリア・診療科・報酬条件などを具体的に伝えることで、最適な求人や提携先法人を紹介してもらえます。

特に最近では、「雇われ院長専用求人」や「医療法人グループ内のリーダー候補ポジション」も増えており、経営スキルを活かしつつ安定収入を得たい医師に適した選択肢となっています。

まとめ・よくある質問

ここまで、医療法人新法による「給与3600万円上限」や「認定医療法人制度」の仕組み、そして経営・キャリア面での選択肢を解説してきました。最後に、記事全体の要点を整理し、読者がよく疑問に思うポイントをQ&A形式で確認しておきましょう。

給与上限に関するよくある誤解と正しい理解

「給与3600万円上限」という表現はインパクトが大きいため、多くの医療経営者が「給与は3600万円までしか支払えない」と誤解しています。

しかし実際には、これは法的な絶対上限ではなく、認定医療法人の認定要件における報酬の目安です。つまり、全ての医療法人に一律で適用されるルールではありません。

また、理事長が実際に診療行為を行っている場合は、医師業務による報酬はこの上限に含まれません。重要なのは、「報酬の根拠を明確にし、法人の収支バランスと整合性が取れているか」という点です。

誤った理解のまま報酬を抑えすぎると、逆に法人全体の活力や人材流出につながるおそれもあります。正しい情報に基づいた経営判断が不可欠です。

新法対応で注意すべき3つのポイント

医療法人新法に対応する際には、次の3点に特に注意が必要です。

これらを怠ると、認定取り消しや税制優遇の喪失につながる可能性があります。制度を正しく理解し、法務・税務の両面で専門家の助言を受けることが、安全かつ効果的な対応策です。

専門家無料相談案内（全国対応）

医療法人の報酬見直しや認定医療法人への移行は、専門的な知識を必要とします。特に、報酬規程の整備・移行登記・税制適用の可否などは、専門家のサポートを受けることでリスクを最小限に抑えられます。

全国には、医療法人のガバナンス改革・税務・承継に特化した専門家ネットワークが存在します。初回無料相談を実施している税理士法人やコンサルティング会社も多く、次のような相談が可能です。

記事を読んで「今のままで問題ないか不安」と感じた方は、まずは専門家に相談し、自法人の状況を客観的に診断してもらうことから始めましょう。制度を正しく活かせば、医療法人の成長と安心経営の両立が可能になります。