医師が開業するなら医療法人？個人事業主との違いと法人化のタイミング

開業医として独立する道を選んだ際、まず直面するのが「個人事業主」として始めるか、それとも「医療法人」としてスタートするかという経営形態の選択です。

どちらの形態にもそれぞれメリットとデメリットがあり、特に所得や将来的な事業展開に大きく影響します。この選択を間違えると、将来的な手取り額の減少や、事業承継の困難さといった課題につながりかねません。

ここでは、年間1,800万円以上の所得が見込める医師の先生方のために、個人開業と医療法人の違い、法人化のメリット・デメリット、そして最適なタイミングについて、専門用語を避け、わかりやすく解説します。

個人開業と医療法人の違いを3つの視点から整理

医療法人と個人開業医（個人事業主）の最大の違いは、医療法人が「利益を再投資すること」を前提としているのに対し、個人事業主は「得た利益を自由に使えること」にあります。医療法人は都道府県からの認可を受けて設立されるため、利益の使い道に制限が設けられます。

比較項目	個人開業医（個人事業主）	医療法人
設立時の手続き	各種届出のみ（開業届はほぼ必須）	都道府県知事の認可が必須
経営の目的	営利活動が可能	非営利活動（剰余金の配当禁止）
事業規模の制限	開設可能な診療所は1か所のみ	分院（複数の施設）の開設、介護事業への参画が可能
所得にかかる税金	所得税（最大税率45%の累進課税）	法人税（税率が固定化され、収支予測が容易）
社会保険	従業員5人以下は加入義務なし（任意）	従業員数に関わらず加入義務あり
事業承継	相続税・贈与税が発生する可能性あり	持分の定めのない法人なら相続税・贈与税の負担なく承継可能
資金の自由度	得た利益は全て自己資金として使用可能	利益は医療提供に再投資が必要（制限される）

（参考：厚生労働省「【医療法人について】」、「医療法(◆昭和23年07月30日法律第205号)」、一般社団法人日本医療法人協会「～医療法人制度について～」）

税負担と社会保険の違い

税金面では、個人開業医は事業所得に対して所得税（国税）が課税されます。所得税は累進課税制度を採用しており、所得が高くなるほど税率が高くなり、最大で45%に達します。一方、医療法人化すると、法人税（国税）が課税されることになります。法人税は税率が固定されているため、一定以上の事業所得がある場合（目安として年間1,800万円超）は、医療法人化した方が税金総額が低くなる可能性が高く、節税効果が期待できます。

また、医療法人は院長自身も「役員報酬」という形で給与を得るため、個人事業主が利用できない給与所得控除を受けることができ、これも節税につながります。さらに、配偶者や家族を役員や従業員として迎え、適正な給与を支払うことで、所得の分散を図り、世帯全体の税負担を軽減する仕組みも利用可能です。

社会保険については、個人開業医の場合、スタッフが5人以下の診療所であれば、社会保険や厚生年金への加入義務がありません。しかし、医療法人化すると、従業員数に関わらず社会保険（健康保険・厚生年金）への加入が義務付けられます。これは従業員の福利厚生の充実につながるメリットがある一方で、法人側（経営者側）が保険料を半額負担することになるため、コスト負担は増加します。

経営責任・信用・承継の違い

個人開業医は、開設できる医療機関が1か所に限定されます。しかし医療法人の場合は、医療法に基づき、病院・診療所・介護老人保健施設などの医療・介護事業を行うことができ、分院（複数の施設）の開設も可能になります。事業拡大を目指すのであれば、法人化は避けて通れない道といえるでしょう。

医療法人化には、都道府県知事の認可が必要となるため、個人事業主に比べて社会的信用力が向上します。信用力が高まることで、金融機関からの融資を受けやすくなるという大きな利点もあります。

承継（事業の引き継ぎ）に関しては、個人事業主の場合、クリニックの財産は院長個人の所有物です。そのため、後継者に引き継ぐ際には多額の相続税や贈与税が発生する可能性があります。これに対し、医療法人は財産が法人に帰属するため、特に**「持分なし医療法人」**であれば、出資者に返還する義務がなく、理事長交代の手続きのみで事業承継が可能であり、相続税や贈与税の負担なく経営を引き継ぐことができます。

どんな医師がどちらに向いているか

医療法人化の主な5つのメリット

医療法人化は、長期的な医院経営の安定と拡大を目指す上で、個人経営にはない多くの利点を提供します。

節税と所得分散の仕組み

医療法人化の最大の利点は、個人事業主と比較して節税効果が高いことです。個人事業主に課される所得税（最大45%）とは異なり、医療法人の所得には法人税（税率が固定）が適用されます。これにより、所得が高額になるほど、税負担の軽減効果が大きくなります。

また、院長自身が法人から給与（役員報酬）を受け取る形になるため、給与所得控除を利用できます。さらに、配偶者や親族を法人役員や従業員として雇用し、適正な報酬を支払うことで所得を分散させ、世帯全体の課税所得を下げることも可能です。

社会保険加入による安定効果

医療法人化は、従業員（役員である院長含む）の社会保険・厚生年金への加入が義務付けられます。これにより、従業員の福利厚生が充実し、人材採用面での競争力が高まります。

「医療法人」という社会的信用力の高い組織形態と、充実した福利厚生は、優秀な人材の採用・確保に有利に働き、離職率の低下にもつながります。

信用力向上と資金調達の容易化

医療法人を設立するには都道府県知事の認可が必要であり、この認可を得ることで社会的信用力が向上します。この高い信用力により、金融機関からの融資（借入）を受けやすくなるメリットがあります。

また、医療法人は、事業運営に支障のない範囲内で、寄付金や助成金・補助金などを活用した資金調達の手段も多様になります。

承継・事業拡大のしやすさ

医療法人化することで、事業承継が非常にスムーズになります。特に「持分の定めのない医療法人」の場合、理事長の交代手続きのみで事業を引き継ぐことができ、承継時に高額な相続税や贈与税が課されないため、経営を継続しやすいというメリットがあります。

さらに、医療法人は分院の開設や、介護老人保健施設など医療関連の事業に多角的に展開できるため、事業の拡張性が高まります。

経営の透明性・ガバナンス強化

医療法人は、個人事業と異なり、診療所の経営と院長個人の家計を明確に分離することになります。これにより、経営基盤が強化され、経営の近代化・合理化が図れます。

また、医療法人は監査報告書や事業報告書などの提出が義務付けられるため、財務管理の透明性が高まり、ガバナンス（統治体制）が強化される点も、長期的な安定経営にとって重要です。

（参考：厚生労働省「【医療法人について】」、「医療法(◆昭和23年07月30日法律第205号)」）

医療法人化の注意点とデメリット

医療法人化は多くのメリットがある一方で、設立・運営の煩雑さ、経営の自由度の制限、そしてコストの増加といったいくつかのデメリットも存在します。

【医療法人の種類と基本ルール（社団・財団／持分あり・なし）】

医療法人は、病院、診療所、介護老人保健施設などを開設する目的で医療法の規定に基づき設立される法人です。

医療法人の最も基本的な区分として「社団たる医療法人」「財団たる医療法人」大多数（99.1%以上）は社団医療法人です。

さらに、社団医療法人は「出資持分（もちぶん）の有無」によっても区分されます。「出資持分」とは、医療法人に資金を拠出した人が持つ、その割合に応じた財産権や返還請求権のことです。

（参考：厚生労働省「医療法人の基礎知識」、「【医療法人について】」

一般社団法人日本医療法人協会「～医療法人制度について～」）

定款制約と意思決定の制限

医療法人は非営利性が求められるため、定款（法人のルール）で定められた範囲でのみ事業活動が可能です。個人事業主のように、院長の自由な判断で経営方針や事業内容を急に変更することは難しくなります。

もし定款に定めのない新たな事業を行いたい場合、行政機関の許可（認可）や定款変更の手続きが必要になり、これには手間と時間がかかります。この経営の自由度の制限は、医療法人化をためらう大きな要因の一つです。

社会保険料負担の増加

前述の通り、法人化すると社会保険（健康保険・厚生年金）への加入が義務付けられます。これにより、福利厚生が充実する一方で、法人として社会保険料の半額を負担することになるため、総人件費や運営コストが増加します。

特に個人開業時に従業員が少なく、社会保険の加入が任意だったクリニックにとっては、この保険料負担の増加は無視できないデメリットとなります。

内部留保の制限と税務面の盲点

医療法人は非営利法人であるため、株式会社のように剰余金（利益）を役員や出資者に配当することは法律で禁じられています。利益は、医療設備への再投資や、地域医療への貢献に充てることが求められます。

また、税務上も、個人事業主時代は全額経費にできた交際費について、法人化後は損金として算入できる金額に制限が設けられます。さらに、個人事業主が利用できる小規模企業共済制度は、法人化に伴い原則として脱退しなければなりません。

（参考：厚生労働省「【医療法人について】」、一般社団法人日本医療法人協会「～医療法人制度について～」）

解散・譲渡が難しい構造的制約

医療法人化の手続きは非常に煩雑で、時間と手間がかかります。各自治体によって申請時期が年に1〜2回と決められており、認可が下りるまでに約6ヶ月の期間を要します。

また、万が一法人が解散する場合、新たに設立された持分なし医療法人の場合、残った財産は設立者個人ではなく、国や地方公共団体、または他の持分なし医療法人など公的な団体に帰属することが定款で定められている必要があります。つまり、医療法人を簡単に解散して財産を個人に戻すことができないという、構造的な制約があるのです。

（参考：厚生労働省「【医療法人について】」）

医療法人化を検討すべきタイミングと判断基準

医療法人化は、タイミングと目的を誤るとメリットを享受できず、煩雑な手続きや増加したコストだけが残ってしまう可能性があります。

開業初期と軌道後、どちらで法人化すべきか

医療法人の設立申請は、クリニックとしての経営が安定していることが前提とされています。そのため、開業と同時、あるいは開業して間もない1年未満の期間での申請は、原則として受理が難しいとされています。

まずは個人事業主として開業し、経営基盤をしっかりと確立し、軌道に乗せてから、税理士などの専門家と相談しながら計画的に法人化を検討するのが望ましいでしょう。

売上・利益・人員規模から見る判断ライン

法人化を検討する際の具体的な判断基準は、主に院長個人の所得にあります。

一般的に、院長個人の課税所得が2,000万円を超えたときが、法人化の移行コストや手間を考慮しても税制メリットが大きくなる分岐点とされています。

税率の観点から見ると、年間事業所得が1,800万円を超えると、個人にかかる所得税率が急激に高くなるため、この辺りが法人化を検討する目安となります。

そのほか、以下のような事業計画も判断ラインとなります。

税理士・コンサルが勧める3つの判断基準

税理士やコンサルタントが法人化を推奨する主な理由は、節税以外にも長期的な安定性にあります。以下の3つが主要な判断基準とされています。

（参考：厚生労働省「【医療法人について】」）

医療法人設立の実務：期間・費用・書類

医療法人化は、一般的な株式会社の設立とは異なり、都道府県知事の認可を得る必要があるため、非常に長い期間と複雑な手続きが伴います。

認可までの期間目安と主要マイルストーン

医療法人の設立認可は、各都道府県で年に1回または2回しか申請受付期間が設けられていません。申請書の提出から認可書の交付まで、約6ヶ月間の期間を要するのが一般的です。

主要なステップは以下の通りです。

必要書類と所管窓口

医療法人設立の所管窓口は、主たる事務所の所在地の都道府県となります。

提出する「医療法人設立認可申請書」には、非常に多くの添付書類が必要です。主要な添付書類には以下のようなものがあります。

これらの書類は自治体によって様式や詳細が異なるため、事前に所管窓口のホームページで確認が必要です。

初期費用/維持費の内訳

ソースには具体的な初期費用や維持費の金額は記載されていませんが、医療法人化には、設立認可申請に関わる専門家（税理士、行政書士など）への報酬、登記費用、そして設立後の運営にかかる事務手続き費用や社会保険料の増加分など、個人開業にはないコストや手間が発生することを考慮する必要があります。

（参考：厚生労働省「【医療法人について】」、「医療法(◆昭和23年07月30日法律第205号)」）

資金計画と融資への影響を理解する

融資審査で見られる指標

医療法人化には都道府県知事の認可が必要であり、これが社会的信用の向上につながるため、金融機関からの融資は個人開業よりも受けやすくなります。

医療法人が設立される際の資産要件として、設立後2ヶ月の運転資金を現預金で確保していること、また個人診療所時代の設備を買い取る場合は、それに必要な資金を別途確保していることが求められます。融資審査では、提出した事業計画書や収支予算、そしてこれらの資産要件が達成されているかどうかが厳しく見られます。

法人/個人で返済能力評価が変わるポイント

個人事業主時代にクリニックの運転資金を借り入れた場合、その借入金は基本的に法人に引き継ぐことができません。そのため、院長個人がそのまま返済を続ける必要があり、通常はその返済額をカバーするために、医療法人からの役員報酬を上乗せして設定するケースが多く見られます。

法的な根拠は自治体によって解釈が異なる場合があるため、個別のケースで引継ぎが可能かどうかは、事前に確認が必要です。

補助金・助成金との関係

医療法人は、その非営利性と公益性から、寄付金や助成金・補助金といった多様な資金調達手段を活用できます。特に、地域医療への貢献度が高い「社会医療法人」や「特定医療法人」といった類型に認定されると、法人税の軽減税率が適用されるなど、さらなる税制優遇措置を受けることが可能です。

例えば「地域医療介護総合確保基金」などは、医療提供体制の確保や医療従事者の確保に関する事業を支援するために活用されています。

（参考：厚生労働省「医療法人の基礎知識」、「特定医療法人制度について」）

個人開業から法人化への移行ステップ

個人開業から医療法人への移行は、単に法人を設立するだけでなく「個人事業の廃止」と「法人による医療機関の開設」を同時に進める複雑な手続きが必要です。

法人化を選ぶ理由の整理

移行プロセスに入る前に、まずなぜ法人化するのか（節税、事業拡大、承継など）という目的を明確に整理することが重要です。この目的は、設立時に提出する定款や事業計画書の根拠となり、認可申請の軸となります。

税務処理と資産/契約引継ぎ

法人化が完了したら、税務署に対して「個人事業の廃止届」を提出する必要があります。

また、個人事業時代に締結していた契約や資産について、法人名義への切り替えや引継ぎが必須となります。

手続きとスケジュールの手順

個人から法人への移行は、以下の3つの大きなステップで行われます。

特に、社会保険診療を行うための「保険医療機関指定申請書」は、各厚生局で月に1回しか指定が行われないため、申請の締め切り日に遅れると、診療開始が1ヶ月遅れてしまう可能性があるため、スケジュール管理が重要です。

医師が法人化で失敗しないための3つの対策

医療法人化には複雑な手続きや運営上の制約が伴うため、失敗を防ぐためには計画的な準備と専門家のサポートが不可欠です。

準備：事業計画・給与設計

法人化の申請時には、設立後2年または3年間の事業計画書と収支予算書を提出する必要があります。この計画は、法人の持続可能性と公益性を証明するために極めて重要です。

また、税務メリットを最大限に引き出すためには、役員報酬の給与設計が鍵となります。個人の借入金返済を考慮した報酬額の設定や、所得分散を意識した家族への給与支払いなど、専門的な知識に基づく設計が求められます。

運営：内部統制・会計体制

医療法人として運営を開始したら、個人事業と事業の財布を完全に分離し、経費や会計処理を厳格に行う必要があります。

医療法人は、毎事業年度終了後に監査報告書や事業報告書などの提出が義務付けられており、経営の透明性が求められます。適切な内部統制を確立し、正確な会計処理を行うための体制づくりが不可欠です。

人選：税理士/社労士/行政書士の選定

医療法人化の手続きや、その後の複雑な税務・労務管理を院長一人で行うのは極めて困難です。

医療法人化を成功させるためには、医療業界の慣習や特殊な制度（医療法など）に詳しい専門家のサポートが不可欠です。特に、医療分野に特化した税理士や行政書士を選定することで、認可申請の煩雑な書類作成や行政機関との交渉、節税対策などをスムーズに進めることができます。

まとめ・結論と次のアクション

医師が開業・独立を目指す際、医療法人化は高い節税効果や事業拡大、円滑な事業承継といった長期的な経営安定の大きなメリットをもたらします。特に年間所得が1,800万円〜2,000万円を超える場合は、税務上の恩恵が大きくなるため、法人化は有力な選択肢です。

しかし、その道は決して楽ではありません。設立手続きには半年近くの期間と多大な労力がかかり、認可後も経営の自由度の制限、社会保険料負担の増加、そして厳格なガバナンスが求められます。これらのリスクや煩雑な実務負担は、時に医師が本来注力すべき「医療」から意識を遠ざけてしまう原因ともなり得ます。

加えて、近年、開業医は税務・労務リスクだけでなく、国による厳しい医療政策リスクにも直面しています。

特に、医師偏在是正対策が強化される中で、「どこで、どのような診療を行うか」という開業の自由が制限されつつあります。

開業や独立は、多くの責任と、こうした予期せぬ行政規制や経営リスクを伴います。

もしあなたが、「経営の煩雑さや初期のリスクを避け、医師としての診療に集中したい」、「経営の安定性を確保しつつ、理想的な環境で地域医療に貢献したい」とお考えであれば、独立開業以外の道も検討されてはいかがでしょうか。

当社の医院では、院長として医療に専念できる安定した環境を提供しています。複雑な法人運営や規制対応、手続きの心配は一切不要です。当院で、経営リスクを負うことなく、安心して理想の医療を実現しませんか。